As particularidades, responsáveis pelo sabor, textura, aromas e regionalidades dos queijos, podem vir do rebanho, do clima, da localidade e dos modos de fazer. Um projeto liderado pela Empresa de Pesquisa Agropecuária de Minas Gerais se propõe a identificar e catalogar os microrganismos nesses queijos e formar uma coleção microbiológica, chamada "Queijoteca Artesanal". O projeto, denominado "Estudo do fermento endógeno dos Artesanais em Minas Gerais: do uso empírico ao conhecimento científico e tecnológico" conta com recursos de R$ 2,1 milhões, financiados pela Fundação de Amparo à Pesquisa.
