Em 1992, Arafi foi nomeado por Khamenei líder da oração em sua cidade natal. Mais tarde, tornou-se reitor da Universidade Internacional Al-Mustafa, em Qom, projeto pessoal de Khamenei voltado à formação de clérigos xiitas e à exportação da ideologia do regime. Sob sua gestão, a instituição expandiu a rede de seminários dentro e fora do país. Em 2019, foi indicado para o Conselho dos Guardiães, órgão que pode vetar leis e candidaturas. Em maio de 2022, Arafi se encontrou com o então Papa Francisco no Vaticano durante uma visita oficial representante o Irã.
