Fundada em 1808 (aberta ao culto em 1809) por monges capuchinhos italianos, a igreja foi erguida com o apoio de fazendeiros locais e mão de obra escravizada, utilizando recursos provenientes de taxas sobre terras indígenas ocupadas. Projetada com dimensões monumentais para a simplicidade da época, a construção enfrentou períodos de abandono e ruína, passando por restauros significativos em 1845 e 1962. Esta última reforma, embora tenha preservado o interior, alterou características da fachada original.